La storia si apre con una ragazza e due soldati (Wedge e Biggs, che appaiono anche in altri capitoli). Questi sono in missione e stanno cercando un Esper congelato, mentre la ragazza che è con loro è sotto il comando dell'Impero e pare sia in grado di usare la magia, che è scomparsa dal mondo dopo la tremenda guerra dei magi di 1000 anni prima.
L'esper congelato pare però reagire di fronte alla ragazza misteriosa e uccide i due soldati liberandola dalla corona che la teneva sotto il controllo dell'Impero.
La ragazza a poco a poco inizierà a riprendersi, anche se non ricorda bene il suo passato: sa però che il suo nome è Terra(Tina nella versione giapponese). L'esercito le sta ancora dando la caccia, guidato dal perfido Kefka, ma il cacciatore di tesori Locke accorrerà in suo aiuto e le chiede di unirsi alla rivolta contro l'Impero.
Questo è diciamo l'inizio della storia... in realtà vi sono ben 14 personaggi giocabili, e anche se a livello di trama Terra è sicuramente quello più rilevante, non vi è un protagonista, ma tutti hanno una certa importanza durante il gioco.
Oltre a quelli già menzionati, i personaggi principali sono: Edgar, Sabin, Celes, Shadow, Relm, Strago, Cyan, Gau, Setzer; più i personaggi segreti di Mog, Umaro e Gogo.
Kefka, l'antagonista, è in assoluto il più malvagio dei nemici di tutti i Final Fantasy(assieme a Sephirot, ma forse anche di più, perchè oltre ad essere malvagio è anche pazzo), basti pensare che avvelena senza pensarci due volte le acque di un villaggio uccidendone quasi tutti gli abitanti.
Ma la cosa bella di Final Fantasy VI è che riesce a sorprendere e ad emozionare, vi sono delle scene ineguagliabili come quella dell'Opera, e per la prima volta in un videogioco viene mostrati argomenti come il suicidio, o la scoperta del sentimento dell'amore, ma non amore tra due persone(come avviene nella maggior parte dei FF), bensì dell'amore verso il prossimo, verso le persone che ti stanno vicine.
E ho cercato di non anticipare troppo per non rovinarvi la sorpresa, perchè di colpi di scena ce ne sono tanti in questo gioco.